復帰したけど　まず何を目標にすれば・・・

目標としてはとりあえず海域の攻略でしょうね。13章まで追加されています。限界突破の実装で艦のレベルが120まで上がるようになっていますので、120lvを多く作って13章に挑むという形になります。限界突破に必要なメンタルユニットはデイリーの戦術研究や委託、イベントの報酬などで取得できます。

開発ドッグは特別計画艦という強力な艦を開発・取得・強化できます。どれか1艦を選んで開発を開始、開発任務をすべて達成することで取得できます。（途中で開発対象を替えることも可能。24時間は変えられない縛りはあるが、任務状況は保持したまま替えられる）
こちらの開発任務には色々資材を要求されますが、最も時間のかかるのが「戦術データ収集Ⅰ・Ⅱ」。開発艦ごとに陣営と艦種が指定されている上、大量の経験値が必要になります。なるべく早めに開始しておく方がいいでしょう。ただ急いで開発しても強化ユニットが集まるのに時間がかかるので、すぐ戦力になるわけではありませんのでそこは自分のペースで。

研究所では科学研究を行い、開発艦の強化に必要な「強化ユニット」、科学研究でしか手に入らない装備の設計図を取得できます。研究にはノーコストでできる研究もありますが、資材を使う研究の方が報酬が良くなります。強化ユニットはそれぞれの開発艦ごとに指定されている上大量に必要になるため時間がかかります。

強化ユニットを使うことで通常の艦でいう限界突破に近い効果が得られます。基本的に30まで上げないと戦力にならないことが多いので、非常に時間がかかります。ネプチューンなどPRと呼ばれるレア度の開発艦には343枚かかります。

とりあえずこんなところでしょうか。また質問あればコメント欄の方で自分のわかる範囲で回答します。