優先して残したいユニットと編成のアドバイス

ドック拡張は損にならないのでした方がなにかと楽かなとは思いますが、どうしても節約したい場合はドロップするキャラを退役させましょう。楽に周回できる海域でのドロップキャラはRだろうがSRだろうがすぐに使わない、あるいは近いうちに使いたいとかでなければ退役させて構いません。必要になったらまた取りにくればいいです。

後者の方が被ダメがすごい理由ですが、どこの海域を回ってるのか分かりませんが、前衛をN駆逐で固めていることがそもそも問題だと思います。前者の方は回避・雷撃に優れた駆逐2体と耐久に優れた重巡1体とバランスの取れた編成に加え、ユニコーンで前衛の回復・装填強化ができるのでいい編成になっています。

一方後者の方は、N駆逐3体（なぜか５体挙げてるけど）、主力艦はネルソンのみ。駆逐艦は雷撃と回避に優れますが、単純な砲火力と対空は多くの艦が苦手としています。駆逐艦の得意とする雷撃も、いい魚雷が手に入らないことにはいまいちですし、レベルを上げないとレベル差補正でどんどん被弾します。

ブルックリン級やクリーブランドのような軽巡洋艦を編成すると火力面も対空面も改善されるので、育てて編成するといいかと思います。ブルックリン級の中でもブルックリン・フェニックスはドロップしやすいです。クリーブランドが手に入れば彼女を育てることで大体なんとかしてくれます。まずはこの辺りをドロップ・育成してはどうでしょうか。

後者の火ダメが前者より多いのはそりゃそうでしょう。回避率UPやシールドといった耐久を高めるスキルが前者に集中してるのでシグニットを改造で煙幕散布習得できたらシグニットかインディアナを後者に入れることをお勧めします。できてないなら回復ができるユニコーンを後者に入れるとバランスが取れるかと
あとは後者が低レアリティでレベルも低いのでしかも駆逐艦ばかりなのでやられやすいので燃費と戦力の両立を意識するならスペンスしか前衛は残りませんがフレッチャー艦隊とか目指したらどうでしょうか
ていうか後者前衛が４隻あるように見えるんですが