タウン建築について

現状まだ見つかってない状況でしょうか？
まだ見つかっていない場合、運営に問い合わせする事をオススメします。
運営に問い合わせすれば研究所3つがそれぞれどこにあるのか調べてくれるでしょう。
ここではりりさんの記載した情報しか判断材料が無いため、特定するのは非常に困難だと思います。
万が一、不具合だとしたら最終的に運営に問い合わせる事になるのでやはり運営に問い合わせする事が早期解決に繋がると思います。
いち早く解決する事を願っております。

表示設定の並び替えの項目や
最大レベルの建物 のチェックはどうですか？

 拡大する

この際タウンにある建物を一度全部保管してみて、それからまた建て直してみては？？

レベルアップ画面での判断なら、ソート機能があるため弾かれてる可能性はあるのですが、流石に違いますかね？

※それだと自力で探して見つからないのが、勘違いになっちゃいますが…

タウン→建てる→建てる→訓練所
としたとき、目的の研究所の建築数の表示はどうなっているでしょうか？
2/3 , 3/3 , 2/2いずれかだと思います。
2/3の場合、私にはわかりません。
3/3の場合、既に建築されているはずなので、地上.地下,倉庫のいずれかにあるはずです。目でわかると思いますが、「建てる」→「保管」で確認するのも手です。
2/2の場合、3軒目を建てるためのランクが足りていません。研究所それぞれで3軒目を建てられるランクが違うので、確認してください。

地下に行ってからもう一度、建てるからレベルアップを試してみてください