ストーリーはやるべき？

クリア済の街のギルマスがクリスマスバージョンで配布されるんです
これを取り逃すと再入手するのに1年待たないといけないのでクリアが見えているならクリアしておくべきですね

他の方が書かれているとおり、ここ2年はクリアしているエリアのギルマス（クリスマスバージョン）を入手することができました。

やめる理由も特段ないので、おそらく今年も同じような企画があるでしょうし、昨年末以降に開放されたヴェルタとノクトニアポリスは今回が初クリスマスバージョンになります。
基本的に先のエリアのギルマスほど有能なため、できるだけ進めておいた方がいいということになります。

また、この手のギルマス特別バージョンは、セレモニーズというのもあります。（こちらも2年連続で春にやっています。）
こちらも終了時までにクリアしているエリアのギルマスセレモニーバージョンが入手可能です。

期限があるのでどうしてもイベント優先になると思いますが、イベントが行き詰ったときなどに少しでも先に進めておいた方がいいと思います。

始めて3ヶ月半の者です。
以前に精霊の獲得について質問をしたところ(#84766)、リアルのクリスマスの時期に開催されると予想されるイベントで、クリアしているエリアのギルドマスター精霊の別バージョンを入手できる、と教えていただきました。
ギルドマスターとクリスマス報酬まとめ
https://黒猫のウィズ.gamewith.jp/article/show/8482
これがほしければメインストーリーは進めておくのが望ましいかと。

セレモニー精霊は初心者で精霊が揃っていない状態だと、使える精霊も結構居るので進めることをオススメしますが、現在の期間限定イベントの精霊を集め終わってからでも問題は無いと思います

初心者では厳しいですがノクト結晶は魔導杯で重要な結晶ですし、コンプリート報酬のキーラもとても優秀な精霊です。

ロレッタくらいまでは進めた方が良いかと。回復などあるので…

状態回復がない場合は、ベルナデッタまで進めたら、クリスマスベルナデッタ。状態回復持ちが貰えます。

私も去年やりだした時は、無理やりベルナデッタまで進めました。12月初めくらいから確かエリア魔力消費半減になったと思います。

メインストーリーを進める理由は他の方が書いてある通りです。

で、もしメアレスのオルタメア狩りをハードで行なっているならサイオーンまではまず間違いなく楽勝です。
(※特定属性に戦力が極端に偏っている場合はその限りではありませんが...)
また、ロレンツィオのギルマス ベルナデッタのクリスマスverはクリネアがいない場合非常に優秀な水の回復役なので狙う価値があります。
サブクエ含めてクリアしておけば年末年始ガチャの資金稼ぎにもなりますので、時間が許す範囲で進めればメリットは大きいと思います。

やって損は無いので頑張って下さい。

メアレス2周回は、ドロップ率1.5倍の期間にするとして、「レベルが低いのでデッキコストが足りない」という状況なら、まずはレベル上げが最優先です。
オルタメアの結晶は確かに魅力かもしれませんが、精霊のHPを下げてまでデッキコストダウンするのは、よっぽどだと思います。それよりはどんどんレベルを上げてデッキコスト上限を上げていった方がいいんじゃないでしょうか。
というのも、「今でしょ」ってくらい素材エリアの知識の闘技場が大サービス期間中なので。
そしてサクサクレベル上げする途中で余った魔力を通常エリアを進めるのにつぎこむといいと思うのです。
そうすればクリスマスのギルドマスターもある程度のところまではなんとか間に合うかもしれませんよ。