レイドでの暗黙のルールなどについて教えてください。

色々ありますので、こちらの検索で「経験値覇級-火闇3T」など、自分の知りたいレイドの過去質問探してみてください。攻略のデッキおよび手順があります。
ちなみに○Tは「○Tで終了する（ので、その攻略を理解して参加してね）」という意味に私は捉えています(笑)
短いターンで終了すると、敵の面倒くさい攻撃を受けなくて済みますし、なにより時間短縮でストレス少ないですからね。まぁその分限られたデッキ構築と決まった手順が守られないと壊滅しますが。

ちなみに私はレイドでは
1)ホストの指示（コメント）は絶対　←見破り禁止、とか
2)途中抜けしない　←誤答即抜けとか、超迷惑

が守るべき事だと思っています。
それ以上のことは、イラッとすることがあってもレイドだしねーと流す事にしています。イライラしすぎたら楽しくないし。

こんな感じですね。

ゲストに関しては概ね他の方の回答通りです。
自分が部屋を作るホストの場合のマナーとして最も重要なのは、
「真っ先にリタイアしない」これに尽きます。
ひどいホストは誰かが一門間違えただけでリタイアします。
残されたゲストは白けるだけですよね。
次に「回復・蘇生お願い」を1週目からコールする。
これはAS回復もロクに用意してないって宣言してるようなものです。ホストは最低限のデッキ編成をしてから部屋を作るようにした方がいいと思います。
最後に私がホストになる時のルールとしては、スピード勲章はゲストに獲って貰うようにしてます。
成り行きで貰ってしまうこともありますが、ゲストに気分良くプレーしてもらう為に、私は基本譲ることにしてます。

ホストのコメントに名言されていることは最低限守るべきですね。
見破り禁止(回答削り使用禁止)・複色優先(3色パネルを優先して選択)などでしょうか。「5T部屋」などと書いてあるのはホストとゲストがある程度決まった編成で高速周回するための部屋です。
例えば、修練場覇級の「火闇3T」と書いてある部屋ではアルガムナドと複属性に闇を持つ４チェイン特攻の火属性の精霊だけのデッキで来てください、ということです。実際に３Tで終わります。
レイド毎で異なりますが、細かい編成は調べればすぐに出てくると思います。

あと明言されなくても守るべきことは無暗にパネルを複色→単色にしたり、特殊パネルやバフの効果を下位スキルで上書きしないことや回復反転を受けた状態で回復スキルを使用したり対策なしに遅延カウンターやカウンター反射を使う敵に該当スキルを使用するのも良くないですね(主にアビスレイド)

条件が細かすぎて少しやった程度では理解できないことも多いので少しずつ慣れていくのがいいと思います。ハウスルール(主コメに指定されている条件)さえ守れば咎められることも少ないと思います。
少しのミスで「にゃんと！」とか「ダメだ！」を連打する人も稀にいますが、だいたいキチガイなので放っておきましょう。

質問の回答は他の方々の意見を参照してください。

一言で言うと、周りに迷惑をかけないことです。

人は失敗しながら成長するものなので、あまり気負わずに気楽に行きましょう。
私も今でも失敗することはあります。（寝落ちとか）
失敗したら、素直に「ごめん」でいいです。リアルと一緒。

暗黙のルールといいますが
とりあえず最低限のプレイマナーを守ればそこまで白い目で見られないかと
自分も同じで右も左もわからず迷惑もかけつつ何とか覚えていきました
他の方々もおっしゃっておりますが入る前に主コメをみてから
入ることをお勧めします。
過去の質問にきっとわからない用語？みたいなのはありますので
それも調べてみてもいいかもしれませんね。
個人的に思っている暗黙のルールみたいなのは以下の通りです

１、主コメを無視したデッキ構成（アル部屋等）では入らない。

２、挨拶は絶対にする、すぐに始まってしまった場合はやむなし。

３、SPを使用する際は自分のSPと被らないもしくは下位にならないように効果を確認してから使用

４、回復スキルなどは同時使用だともったいないので必ず回復しますもしくは状態異常回復しますなどを使う前に言う。

５、間違えた場合はすぐに謝罪をすること

大まかにいうとこんな感じです
本当に基本的というか普通のマナーなのでそこまで堅苦しくならなくてもいいかと思われます。
楽しむのが一番です。