S+精霊について、

S+精霊のSS進化は、未だ例がない事から運営次第という感じです。
ただアフロディテもコニーも優秀な精霊ですから、育てる価値はあると思います。

まずアフロディテですが、状態異常回復持ちである事からアビス01でクリネア、アビス02でグレイスが重宝したようにこの先特定イベントでの必須精霊になるだろう事は容易に考えられますね。(永続毒の解除や弱体化解除など)
覚醒とマナ込みでHPが2600を超えるのもいいですね。何より軽い。
ASの回復量が「かなり」止まりなのがネックといえばネックですが、デッキに回復役が1体という事はあまりないので、他の精霊でカバーできるでしょう。

次にコニーですが、覚醒とマナ込みで攻撃力2800オーバー、属性upあり、覚醒により初回3Tで見破り発動可能といい性能だと思います。ASはSSリヴェータと同じなので275%、例えばですが助っ人にフル覚ツクモを呼んでツクモのAS発動させれば火に対して8000弱のダメージを与えられます。
火以外の敵には火力が出ませんので、その辺は適時デッキ編成を考えるという感じですね。

先日の追加の際に、敢えてS＋精霊として登場したので、当面はSS進化はないと思います。

ただ、当たり前のことですが、S精霊よりもステータスは上ですし、無課金なら余計に進化させたほうがいい精霊なのではないでしょうか。

特にアフロディテは今後絶対に使える場面が多数あります。
セレ限のクリネアとグレイスと同じSSスキル（状態異常回復）を持っている常駐精霊です。
ハロウィンセシーリアを持っているのであれば、アフロディテより上なのでもちろん必要ありませんが。。。
セシーリアをハロウィンで出したこととアフロディテがガチャに常駐していることを考えると、今後セレ限では雷版クリネアは出てこない可能性が高いです。

私はアフロディテが手に入ったときはすぐに育てました。
（クリネアとグレイスも持っています。）

コニーについては、手持ちに属性特攻がいないのであれば十分育てる価値があります。
ただ、他にアタッカーをお持ちであればやや優先度は低いのではないかと思います。