ステアップスキルについて

ATK/HPが、1000/2000 or 2000/3000（上限値）と云うのは、デッキに5色揃えている場合の一度のSS使用で上がる最大の値。（揃ってなければ、上限値に達しない訳で）

で、重ね掛けをした場合には、数値の大きい方に効果の及ぶ値が統一されるので、
凪欺さんも記載されてますように、SS1を2回使ったならば、1000+1000でATKも2000まで引き上げられる。HPの方には重ね掛けの効力無し。
SS2×2ならば、ATKが（2000+2000ですが）HPと同様の数値3000まで上がり切る。
SS1+ SS2 or SS2+ SS1ならば、 SS2使用時の数値の大きい方の3000まで重ね掛けをする効果を成す。


最終的に見るべきなのは、数値の大きい方です。数値の小さい方は重ね掛けをして能力を上げる余地があります。

書いてある通りです。
SS1 を使用で ATK 1000↑ HP 2000↑
SS2 を使用で ATK 2000↑ HP 3000↑
の効果があります。
その際にATKとHPの上限は【上限の高い方の数値になる】とゆう仕様になってます。
なのでSS1の１回目の使用でATK 1000↑HP 2000↑の効果を得られますが、内部的にはATKの上限値も2000↑になってます。
ですから２度目の強化で、低い方の数値だけが上がったというわけです。
SS1の場合は、ATK1000↑ HP 2000↑ですが、ATKも上限値2000↑(見えない上限値)になっています。
SS2の場合は、ATK2000↑ HP3000↑ですが、ATKも上限値3000↑(見えない上限値)になっています。

どちらも【高い方が上限値になる】とゆう事です(修正が入り仕様が変わるかも知れないので、今現在はです)

ATKとHPの数値が逆でも同じで「自身のHPを2000↓、ATK6000↑」精霊がいるとします。
このSSを使った後に他の精霊でｽﾃｰﾀｽｱｯﾌﾟを続けると、HPも6000↑まで上げれますよ。

うまく伝わるかしら。

複数の要素が絡むので長文になりますが。

・どこまで上がるか、上限の値はいくつなのかについて

ステータスアップ
https://gamewith.jp/kuronekowiz/article/show/20001
SSの説明文に値が記されています。

精霊強化
https://gamewith.jp/kuronekowiz/article/show/29447
SSの説明文に値が記されています。

純属性強化、融合強化
https://gamewith.jp/kuronekowiz/article/show/61889
https://gamewith.jp/kuronekowiz/article/show/84749
実際に上がった値が上限です。
SSの説明文に記されている値はデッキ内の精霊の条件が最良である場合のものになります。
条件が最良でない場合の値がいくつになるのかは、ゲーム内では得られませんので、自分でやってみてくださいとしか…。
(外部情報としては掛け率がGamewithの精霊の個別ページに記されています)
https://gamewith.jp/kuronekowiz/article/show/60013
https://gamewith.jp/kuronekowiz/article/show/84202



・攻撃力とHPの一方しか上がらない、もしくは一方が上がり他方が下がるステータスアップや、攻撃力とHPで上がる量が異なる純属性強化、融合強化を重ねた場合

上限値は攻撃力とHPのうち上限が高くなるほうに合わせられます。
攻撃力が2000、HPが3000上がる融合強化SS1を2回使用した場合、攻撃力とHPは共に3000上がります。
これは一度めのSS1で攻撃力の上限もHPの上限と同じく3000に設定されるためです。
HPだけを上限3000で上げる2ツクヨと、融合強化の2クレティアを火水デッキで併用した場合、2クレティアのSS1によるステータス上昇は攻撃力300、HP375となりますが、ツクヨのSSで上限を3000まで引き上げた後であれば、繰り返しクレティアのSS1を使うことで上限の3000に達します。
LtoLした2リフィルとペロミィの併用でも同じように最終的には攻撃力、HP共に3000まで上がります。