クルイサ攻略中の不具合（？）

状況がわからないので連結入りのデッキを雑に作って2周試走しましたが、連結が切れるという症状は発生しませんでした。
デッキや手順を公開することはできませんか?

連結パネル生成は効果が精霊に付くので、術者が呪われたり落ちたりすると効果は切れると思いますが、9-3はのろいはないようなので…。
効果が切れる、ということから乱暴に想像すると、死亡時行動のスキルチャージが悪さをしているのかな、等があるのですが。
死亡時行動を有する敵を残滅大魔術の残滅ダメージや毒で倒した場合の不具合も未解決のはずなので、残滅を使用しているのであればその関係も考えられると思います。

連結エフェクトの話でしょうか。

確実に発動しているということであれば、エフェクトが切れていても踏めば２問になります。もちろん実際に隣同士になっている必要はありますが。
もしくはタスク切って復帰でもエフェクトが復活します。

連結パネル生成では、同じ色のパネルしか連結できません。
例えば水火パネルは、水火パネル同士なら連結しますが、水単色、火単色、水雷、3色パネルなどとは連結しません。クルイサでは関係ないですが、イベントパネル(アイドルきゃっつのライブパネルなど)も連結できないようです。
ですから、確実に連結パネルを踏みたかったらパネル変換精霊をデッキに入れるのがおすすめです。