潜在結晶がー

こんな感じのことでしょうか？

○で囲った１つ表示の結晶は他の精霊に装着済みなので強化画面から使えないので暗転

もう１つの50個表示の暗転はスキル用の結晶で付けようとしてる精霊のスキルと合わない為に【元々付けられない】為に暗転してます。

お好みの話なので無理強いはできませんが、デッキ画面から結晶の付け外しすると良いのかも知れません。

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精霊と結晶の名称がわかればかなり絞り込めるのですが。

とりあえず
・3年前のアップデートで強化合成を使わない潜在結晶の装着方法ができた
https://gamewith.jp/kuronekowiz/article/show/93911#6
特に理由がなければこちらを使うほうがいいです。

仕様の問題として
・スキルが合っていない精霊には結晶を入れられない
間違いやすいものとしては反動大魔術と反動大魔術・蝕などがあります。
・SPスキル「スキルコピー」の精霊に特定のスキルの結晶は入れられない
多弾魔術をコピーする予定でも多弾の結晶は入れられません。
・L化時になにごとかが起きる精霊にL化時になにごとかが起きる結晶は入れられない
わかりやすいのは覇眼を持つ精霊に覇眼結晶とか。
アレスザヴァンガードの変身もこれに含まれます。

恐らく、結晶を付けようとしている精霊が使用できないスキルの結晶を合成しようとしているからではないでしょうか？
例えば、ssが大魔術の精霊に秘技の大結晶<大魔術>は合成できますが、秘技の大結晶<多弾魔術>は合成できません。asの場合も同様です。

違う理由でしたらごめんなさい。