グラールの欠片など「主属性依存のSS強化結晶を装備中」に「主属性が代わった」場合

ダウンしますよ、貴方が使ったとおりに。
氷ランスのような「〇〇魔術の効果値をAアップ、主属性が〇なら更にBアップ」の結晶は主属性があっていない精霊にも付けられます。結晶間違えてミリィに付けてたことありました。ですが仕様が仕様なため、属性反転を喰らえば効果は高い方で打てます。まぁ潜在能力が反映されないのでステータスがそもそも低いのですが…その点は反転強化は潜在能力含むため有能ですね。
SSを使った時のその精霊の状態を反映するため、火雷の精霊を属性反転食らった状態で大魔術を比べたところやはり雷なら更にアップの方が反映されていました。こちら側のSSで精霊反転で切り替えでも同じなためエクセリアには通常の大魔術結晶Sを付けるか先にピピア使って解除してから打つといいですね。まぁステアップ効果は無くなるのでダメージちょっと下がるんですが…
ちなみに反転強化は基礎ステータスを倍にしますが、基礎ステータスというのは潜在能力・結晶を含めた（デッキ編成画面での）HPと攻撃です。なので潜在能力でHPを2000、攻撃が3000上がっていれば反転強化を打った時にはHPが3000、攻撃が2000上がることになります。バトル開始後のステータスの増加は関係無く、反転した後の数字をのろいでダウンすることになる為、計算の際には少し面倒です。
結果として反転強化をする時は結晶気をつけようねって話です。

結論から言えば追加効果は反映されないはずです。
あくまでSSを打った時の主属性を参照にするので主属性が光か闇になっていたら追加効果値の恩恵は受けられません。

反転前の属性を対象としたステータスUP系の結晶の効果を受けられるのは、反転強化で攻撃力を倍化するときに「基礎ステータス」を参照にするからです。これには結晶や潜在で上がったステータスも含まれていて、反転強化を使った時点での基礎ステータスを基準に倍化します。

ただし敵スキルの属性反転はただ反転するだけなので、反転後の属性に対応していない結晶や潜在の効果は反映されません。