手持ちの整理

性能よりもそのキャラの好みや思い入れなどで残す残さないの判断もあるかもしれませんが、それらを全て除外してというのを前提とします。

攻撃系ASの精霊ですが、ノーチェインならば今後LtoL化で艦隊性能になるかもしれないから複数枚残すのはアリかもしれませんが、3～5チェイン以上の高チェイン型の精霊は、LtoL化したとしても艦隊性能にはなり難いかと思いますので、残すとしても2枚以下で良いかと思います。
（たまにバーニングやクルイサのようにパネルにチェイン付与されている場合もありますが、稀なので、、、）

回復系ASの精霊ですが、LtoL化したとしても、まず艦隊で使うことはほぼ無いと言ってもいいでしょう。あっても2体あれば十分かと。SSスキルの内容によっては1体で良いかもしれません。ただし、ASにエンハも付与されるタイプのであれば効果値や基本ステータスの内容次第で、艦隊性能か判断する必要はあるかもしれませんが。

過去の魔道杯精霊は、ほぼ同じスキルの上位互換の精霊を持っているのであれば、魔道杯の周回報酬でもらえるような下位互換の精霊は処分しても問題ないかと思います。魔道杯報酬は総合報酬ぐらいしか今後LtoLされる可能性は無いと思いますので。

あとは、保管庫2ぐらいは開けても良いとは思いますよ。
保管庫を開けるのを渋って、カツカツの状態で無理くり精霊を整理して、本当は必要だった精霊を処分してしまってあとで後悔するよりも、多少の余裕を持たせるようにしておいたほうがいいんじゃないかと個人的には思いますね(*´▽｀*)

　動作が重くなるといった理由で保管庫2 3を解放しないという選択もあり得るようですね。
どんな理由にしても保管庫2 3を開けたくないのでしたら、そのための努力は必要になるでしょう。ガチャを回す前にはカードを目一杯にしておいて、プレボに全部入るようにするといった事は当然されていると思います。
　その上で精霊があふれているのでしたら、まず騎士団はLtoLしたばかりですから今現在必要と思える分を確保したら、後は処分していいと思います。枚数的には微々たるものだと思いますが…。問題のAスタート精霊についてですが、進化させ終わったのなら売ってしまってよいのではないかと。戦力として過去・現在に役に立っていなくても、図鑑埋めには貢献してくれたわけですし、LtoLが来るとしても、過去に最初から使えなかった精霊がLtoL等で強キャラになった事はないと思いますので。
　ジグニャン艦隊は趣味の世界。趣味を持ちたいなら犠牲を払うのは当然ですね。私もこの趣味は嗜んでいます(笑)
0ターン大魔術艦隊は…最近素材集めとかしたことないですね。ギルフェスとかウィークリーでちょっと使うだけなら3色持っていなくてもいいと思います。
オロチキュウマは…残しておくしかないんでしょうかねー。

保管庫2を解放したくない理由ってなにー？
栗錬成のために解放したくないのならば、個人的にはちょっとナンセンスだと思います(エゴですみません)

昔の精霊を見て懐かしむ事もあるので、基本的に私は最終進化ドロップボスなどはとっといてあります

保管庫2もいっぱいになったので、保管庫3も解放しました

タカのわさび万さんが、それでも解放したくないのなら常駐精霊を全て断捨離するのがベターかと思いますが、せめて保管庫2くらい解放しときませんか？

性能だけを重視して取捨選択するのは、ちょっと寂しく感じてしまいます…

私も保管庫2は解放していません。自分のこのゲームの楽しみ方を考えたときに、いつかA精霊の艦隊が活躍する時の為にキープしておくよりも目先のクリスタルを手に入れることのほうが適していると思ったからです。

ジグニャンなど以外のガチャ産A精霊は1体だけ残し、過去のイベントのボス精霊は使わなさそうなのは全て売ります。

「無微課金だから貰えるものは取っておく。」ということでプレボにガチャ産を大量に保管したりレイドボスを10体以上確保したりする人を見かけますが…
どれだけの数のユーザーが自分の意思でやっているのか不思議になります。
売った精霊が居ればなあ、と思う時が来ても「まあいいや別の方法を考えよう」と私は考えます。

あっ、騎士団は一応今のところアネモネ以外も5体残しています。

このゲームは｢選択肢が多い方が有利｣という状況が昔から続いています

保管庫2は素直にあけた方が無難かと。

動作が気になるのなら運営さんにお問い合わせして対応してもらってください

保管庫をケチってまでクリスタルが欲しいのなら、必要に応じていくらか課金なされては如何ですか？

私はどんどん拡張します。配布も選択肢として取っとく人間なんで

イベントボス…(上、封、絶、覇、高難度)×月2回=10枚
魔道杯…ポイント2枚、デイリー2枚、総合1枚→5枚
イベントガチャ排出…2枚(例)
　
単純に一ヶ月で17枚は増える計算です。ガチャで当たったり、高難度を艦隊にしたりがあれば毎月25枚増えていきます。4ヶ月で100枚前後です。

そんな中、質問者さんのようなギリギリの状態で数十枚売却したところで、すぐにまたいっぱいになって自転車操業ですよ。毎週のように手に入れては売り、手に入れては売り…を選びますか？こんなのを何度もやるってのは時間の無駄なんだ……無駄だから嫌いなんだ…無駄、無駄……

1枚育成済のを残して
他は全部捨ててしまっていいと思います
もう手に入らない子もいる、との事ですが
既に図鑑埋めが完了しているなら、
A段階の物は私だったら捨てます
更なる進化をしたら…と不安かもしれませんが
更なる進化したらまたガチャから復刻しますよ
(ルーシュとか良い例。当時は排出停止キャラでしたが
L化で化け、後に排出対象になりました)
どれくらいの頻度でガチャしてるか存じあげませんが
捨てたってどうせまた出てきますよ
今のイベントやレイドは配布のピーキーな性能を
使う事が多く、通常ガチャ産を1体以上使うのは
殆どないと思います
(激化用にダリガラ使うくらい？

また、他の方も言ってますが、ガチャをする前は
必ずボックスをメイトガチャや雑魚敵でMAXに
してから引きましょう
そして必要な物を必要な時に受け取れば
ボックスを圧迫する事なんてまずないです
1550↑プレイしてますが、手持ちは600弱
保管庫は昔懐かしのキャラ、通常エリアのボス
集め途中のクルイサの遺物を入れてても890
もう図鑑埋めで報酬が貰えなくなってからは
魔道杯報酬(総合報酬含め)も
使うクエがなかったらプレボに放置してます

要らないと思うものは捨てます。
何となく三ヶ月程で暇→ボックス整理で捨てます。単純にそれだけです。
イベントボス、ガチャ産A、普通に使わないのは捨てます。
騎士団のＬtoＬを忘れてて その少し前に整理しましたけど、スグ揃いました。
たまーに、イベント精霊が必要になり作った事もありますがそれだけの事です。
何ヵ月も使わない精霊を使うのって、投稿デッキ真似る時位しかないように思います。
それだけ縁のある精霊なら 要らなくてもまたガチャから降臨します(笑)。

正直、クリスタルガチャのAスタートで今も使えるのは回復特化型か0ターンパネチェンくらいでしょう。

とりあえず、現環境から置き去りにされて久しいアタッカーあたりから整理してはいかがでしょうか。
絵柄を眺めるだけなら図鑑で十分ですし。

比較的取り返しが効く
クリガチャアタッカー→クリガチャ回復支援→家からリプライできるイベントボス

現状取り返せない、復刻のないイベントボス、魔道杯報酬、廃盤済み精霊はそのあとで考えると安全ではないかと思います

0T大魔術って今そんな要らないと思うんですよね。
0T特効とか反射無視SSとか、ゴロゴロしてますし。
オロチは純強化で暴れるし、一部は確かに活躍するんですけど。
基本的にポイして良いと思います。
趣味で図鑑埋めはしますが。

ボイスがない、絵面が好みじゃない、の
2条件を満たしてるのも含め、全部保管庫ですね。
マナ代わりにエサにしてます。

保管庫2は解放してません。
整理すれば済みますんで。

前にも回答しましたが、再度。今は暇猫ですよね。プレボのA精霊面倒ですがチェック。そこに4枚以上有るのはマナ関係なく捨てましょう。またたまります。
次はほとんど使わない、被りss止まりの限定の被り分。最後は、何か有ればと取っておいた報酬ss止まりのパーツ。それでまだ圧迫してれば、家解放で何時でも作れるssどまりの者。
多分そこまでやれば、まだまだ余裕ありと思います。今の所、三年近いウィズ歴ですがプレボ、保管庫1でなんとか行けてます。まだ100以上余裕ありです。

魔道杯等で保管庫アップが貰えるのですがそれも嫌なのですか？クリスタルで開けても保管庫アップが後でクリスタルに変換されるので結果的に変わりません。
あと数年このゲーム続けるつもりならはっきり言ってとても足りないので、どうせ開けるのであれば早めに開けた方が得です、とだけ言っておきます。