多弾結晶で与えられるダメージ

攻撃力が10000だから10連撃の1発が1000になるわけではありません。ダメージは攻撃力、スキル倍率、属性の相性等で計算式があります。与ダメージに関しては以下で詳しく解説しているので興味があればご覧になってください。
https://黒猫のウィズ.gamewith.jp/article/show/10981

質問に関する回答ですが、前者の認識が正しいです。
総ダメージには変化はなく、1発当たりのダメージが少なくなります。1発のダメージが少なくなりますが、それによるメリット・デメリットがあるので、ケースバイケースで付けるかどうかを選択しましょう。

メリット
・単純に手数が増えるので鉄壁に対しては有利
・連撃の途中で敵を倒した場合、残りの連撃が他の敵に行くので無駄になりにくい

デメリット
・ダメブロを貼る敵にはダメージが通りづらくなる
・スキル反射無視がない場合、連撃の途中で他の敵に攻撃した場合スキル反射に引っかかる場合がある
・単純にスキル演出時間が伸びて周回効率が悪くなる

多段結晶には
効果値プラス
と
連撃数プラス
が有ります。
効果値プラスは、ダメージ数が上がりますが連撃数は変わりません。総じて一発一発の火力が上がり、総じて、ダメージ数が上がります。
連撃数プラスの場合は連撃数は上がりますが総ダメージ数は変わりません。上記と違い一発一発の火力は弱くなります。

総ダメージは同じですね。
なので一発分のダメージは減る計算です。

鉄壁対策ならダメージ関係ないですけど、そうでないなら多弾効果値up結晶の方を選択ですね。