ガチャで出た精霊がダブり過ぎています。

その判断は結構難しいです。
可能性の話をすれば、ほとんど精霊に複数積みの活躍の見込みはあります。

一応、複数積みを見かける精霊を挙げておきます。思いついた順なので、規則性はありません。
＜初速が優秀なもの＞
ウラガーン、ルーシュ、ラヒルメなど
＜複属性が一致で更にアップ系のASエンハ＞
3周年ルドヴィカ、GWミラノ、セリアル、クマランカなど
＜単体ブースト＞
GWテスタメント
＜複属性全体攻撃＞
元祖元帥、旧ミネバ、UGアリエッタなど
＜単体特攻＞
レイドテネブル、GWスモモ、マロマル
＜全体特攻＞
新ミコトなど
＜種族特攻＞
ヒミカ、ロアなど
＜種族の潜在底上げが大きい精霊＞
ラパパ、サイラス、イニュー、ヴィヴィ、オロチ、セリアルなど
＜アタッカーで且つ見破り＞
リクシス
＜その他＞
アリエッタ、グラ、バレヒカリ、バレノイン、終焉、ハローラなど

他の方の回答にもある通り複数運用できる精霊はこれだ！という決定的なものはないです。
ダブリの代表的な活用方法などは他の方がすでに答えていらっしゃるので省略します。

自分が最近複数運用を用いたのは１つ前にあった覇眼魔道杯です。
ザハール、ザハール、ピピア、ピピア、ピピアで覇級をやっていました。
「なんだそりゃ」と思われるかもしれないですが、これが思った以上にうまくハマりました。
わざわざこんなデッキを作ったのはダブったザハールとピピアをなんとか使えないかなと思ったからです。鉄壁が多いステージだったのでピピアのSSを使いつつザハールのASとSSが活きるかなと思って作ってみました。
この時は「複数持っててよかった」というより「ダブりが活かせてよかった」という気持ちでした。
なんでこのようなことを書いたかというと、ダブりの運用については発想の逆転が必要だと思ってます。
要は「精霊がダブった。複数使える精霊はないか？」ではなく「ダブった精霊。なんとか有効活用したい」ということです。
デッキの組み方は無限大です。
ダブった精霊でも適当に複数入れたりしていろいろなデッキを作ってプレイするのもひとつの楽しみだと思います。
もしかしたらそれで「ぼくのかんがえたさいきょうのデッキ」みたいなのができあがるかもしれませんｗ

質問に対する回答と若干ズレてる上に長文になりましたが、周りの情報だけに捉われずに自分で好きなように組んで遊ぶのもいいんじゃないかなということです。

誰もが通る道だと思って後悔したものは忘れましょう。

皆さんが既にアドバイスしているもの以外で言うと、複数持ちに意味があるものとしてマナプラスの奇数調整問題があると思います。
ガチャで出た限定精霊のダブリを、捨てるに忍びず、マナプラス200とマナプラス199の両方で成長させるなんてこともしています。
これはHPを条件とする効果によって損得の分かれ道になることがあるからです。
使い分けてデッキに入れたり、あるいは両方投入したりすることができます。
まあかなりの特殊ケースだと思いますが、頭の片隅においても損はない話だと思います。

私はどんなに使えないと思った精霊でもガチャ産のものはすべて保管してあります。
以前３枚出たアリエッタ、ミカゼ、旧ルーシュをいらないと思って売却・合成してしまった反省からです…
L解放やさらに上の進化が出て化ける可能性もありますし、特定の場所で複数枚使うことで真価を発揮する精霊もいます。

潜在解放エーテルは余っている上、まだ手持ちがスカスカなので１枚目は普通の所持カードに、ダブりは保管庫に押し込んでます。
手持ちがいっぱいになってきたら所持カードをいっぱいにしてからガチャを回してプレボに放り込む予定です。
そこから必要なものだけ取り出して使っていきたいと思います。

ダブりで使いやすいのはやはりアタッカーですね。
チェインなしで初速が出る、通常ルーシュや（ガチャではありませんが）ウラガーンなどは、複数使いありだと思います。

また、トナメでキーになる精霊は複数必要なことも多いです。大抵は、強力なAS攻撃とSS攻撃がセットになっているタイプです。アリエッタ、新ミコトあたりが典型でしょうか。（3枚、4枚使いできます。）
2枚使い程度なら、3周年イザヴェリなども今回の魔道杯で活躍しました。

減衰なし全体攻撃が全盛だったころは、通常ディートリヒなども複数使いすると高速周回に役立ちました。

遅延精霊や状態異常回復等が2枚必要な場合もありますが、敢えて同じ精霊を入れる必要性は低いですし、スキル的に1クエストで1枚いれば十分な場合や、他の精霊で十分代用できる場合は、無理に複数使う必要はないと私は思っています。
ですから、アタッカー系の限定精霊が2枚以上当たってもとりあえず育てるのは1枚で、2枚目以降は必要になってから育てることが多いです。

精霊の使える精霊かどうかはプレイヤーの性格やプレイスタイルによって好みが分かれると思います。

とりあえず私は最初からSSで登場する精霊は保管やプレボで眠ってます(最近ではアシュタルさん4枚……)。
でも合成するには……ね…(笑)
最終強化がレジェンド(L)以外の精霊は今後のL化に期待して1枚は余分に持っとくようにしています。

ラスルくんL化には驚かされました(笑)
ミコトが引けなくて全体特攻SSがサッドしかいなかったので助かりました‼

現存のL精霊の場合は今後の複属性化に期待(遠い目)しながらやはり余分に1枚以上は持ってます。

私がガチャ産で複数枚L化させて使っているのは
チュレ(艦隊で素材周回が楽にと思い作成)
ルーシュ(3色変換＋ｽﾃup＋攻撃結晶でウラガーン回るのが楽でMAX火に7万はロマン‼)
でしょうか……

とりあえず1体は最終強化(図鑑埋めも兼ねる)
1体は保管(今後に期待)
後はGameWithさんのサイト確認して
絵が好き‼
遅延2体欲しいetc…
必要に応じて持っておけばという感じで私はやってます。

長々と長文失礼しました。

複数積みが有効と言われている精霊は多くあります。
でも実際複数積みで使うかどうかは手持ち次第で変わって来ます。

新たな進化解放されても変わって来ますし、新しくレアリティ追加された時にも変わって来ます。

その時イチイチ後悔される位なら、最高5体までは置いていれば良いのではないでしょうか。
ご存知なら申し訳ないですが、手持ち(BOX)をいっぱいにしてからガチャを引けば引いた精霊は全て保管期限の無いプレボに送られます。
そうして保管しておいた精霊は必要な時に出して育てる事が出来ます。
私はそれでちょうど5体、チュレ艦隊作れる数ありました。でも実際に作ったのは1体。今の私のプレイスタイルでは1体で十分。でも必要になれば作るかもなので、引続きプレボで眠らせています。

どの精霊が複数積み有効か、ご自分で判断出来るようになるまでそうやって精霊を寝かせておくのもひとつの手だと思いますよ。