あえて進化させていない精霊ってありますか？

直近だと、

①GPルリアゲハ→進化時にSS1の0T遅延が消える
②心竜天翔リティカ→水単から水光へ

がご指摘の条件に近いでしょうか。GP2016精霊はルリアゲハ以外にも魔改造レベルでスキルが変更されているので、使用感の違いが気になるようでしたら事前に確認されるとよろしいかと思います。

例)
・GPラギト→ゴリブから自分のみ反転邪へ
・GPアルさん→8Tチャー斬からスバケイ型(撃破強化＋一閃斬撃)

ただ、個人的には進化しちゃってもOKじゃないかなと思います。進化しないままなら結局倉庫番のままですし。特殊なケースは水単リコラがなければリティカ水単運用ワンチャン、くらいじゃないでしょうか。
0T遅延はまあレアスキルなんでしょうが、0T遅延ないと絶対抜けられないというのはかなり詰んでる状況なので製作側も作らないでしょう。

アイドルキャッツ　ルカは自傷が消えましたが、体力調整目的で自傷を使っていた場合はデメリットにもなり得ます。私は複数持ってましたので、進化後と進化前をどちらも残しています。

ただ一枚だけしかないのであれば間違いなく進化させた方が良いでしょう。運営も、ガチャ産の精霊をあからさまに使いにくくするような下方修正はしません。ステータスアップ、EX-AS付与の恩恵の方が圧倒的に大です。
使いにくくなると言うより、使う場面が変わると言った方がしっくりくるでしょう。

SSが異なるものになるとか属性が異なるものになるとかは目立つ重大な違いなので話題になりやすいですが、効果値が少し違うだけでも影響が出ることはあります。

異国情緒と艶やかな変化譚
https://gamewith.jp/kuronekowiz/article/show/36689

現時点ではLtoLが2度施されているL3としますが、ASの回復量とファストスキルが

段階 AS1 AS2 FS
L1 13 17 3
L2 14 17 3
L3 14 17 4

L1の異国情緒(戦後回復非解放)とAS全体自傷10%の精霊3体を組み合わせた場合、HPの変動は

1問正解 70
2問正解 53
3問正解 36
4問正解 19

L1であれば4問正解でちょうどSS1が発動でき、HP20%以下の条件を満たすので多段カウンターが成立します。
L2にするとAS効果値の違いでこうはなりません。

もっとシンプルなものでは、捕食大魔術の餌に使う場合があります。
進化でファストスキルが多くなれば、それだけ餌としての性能が下がります。
こういう、細かい使い勝手が変わるという程度のものまで気にすると、進化を躊躇うかもしれない精霊というのはけっこうあると思います。

なお、現実的にどうするか、ということについてですが。
1枚しかないカードがこういう局面を迎えた場合、迷わず上げてしまっていいと思います。
私の経験範囲で、1枚しかないカードを上げずに据え置いているものはありますが、据え置いていてよかった、ということがこれまで一度もありません。
最終進化になっていないことで役立ったことがあるのは異国情緒だけで、これは私は3枚持っています。

「純真の嗜虐嬢　エル・メルフェゴール」
「罪を照らす七光　ユスティー・ロー」
どちらも最終進化するとＳＳ２が「統一パネル変換」になるんですが、融合デッキに入れにくくなるので進化を１個前で止めたものを１枚ずつ持っています。
まあ他の方同様、複数枚持っているからこそ、っていう部分がありますけどね。
特にエルは複数持っている方多いのではないでしょうか

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クロディブ2 ミスティハイド　
SS2の周期が4t→6tになり、L化も遅くなり、チェインも減ると話題になりました。

配布
シュバルツ　エルンスト
SSが蓄積邪→印

シュガバン1 ルポーティ
SSが特攻から精霊強化に変化

だった気がします。

ギルマスのルベリ(限定ではありませんが)
引継ぎしたので一枚分けてます(純属性→複属性)

GPガトリン
継続回復が便利な時もあるので分けてます。
(継続回復→パネリザ)

シュバルツローヴィはLtoLするとSS1が変わってルディニアシクレで使えなくなるので注意です。
ただしそれが終わっていれば基本的に進化後の方がいい場面が多いとは思います。

今も全然出番無いですが当時LtoLさせてちょっと使い辛いと話題になったアンジェリカさん

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質問拝見致しました
直近の8,9,10月の進化解放を例に使い分けできる精霊の一部書いておきます(悪魔でも参考までになので、火力や使い勝手を優先して進化してしまうか、状況に応じて複数枚に分けて進化するか，出番が来るまで進化しないかは個々の判断に任せます！)

1.SSミリ残しをして蓄積破やSS貯めに使う場合(進化前の方が低火力が出て都合が良い場合)
直近の精霊
・アライナ，キュウマ，バレピピア(父の日大魔道杯の様な形式の場合は進化前の方が良い場合もある)

2.進化後SS2が変わってしまう場合
直近の精霊
・ヴァレウス、ロサ&ロレシャ(継続回復と時間停止で使い分けしたい場合や、たまにある「SPスキルが全て溜まった状態から開始」が付くクエストで無に還す瞳を0tで使う場合は進化しない方が良い時もある)

3.スキルそのものが変更される場合
直近の精霊
GP2016ルリアゲハ ，GP2016アルドベリク等(GP2016の精霊自体ほとんどの精霊の性能が大きく変わっている為、進化に悩む性能だと思いますが、0t遅延を持つルリアゲハが稀少であったり、強制進行を考えてアルさんを進化しなかったりと使う場面に応じて進化しない方が良い時もあります)

4.対象が変わる場合
直近の精霊
・キャッツ2ユッカ(1キャラに集中してWスキルを付与したい場合や、隣接する◯◯の条件を持つ精霊を他で使う場合は未進化も検討して良いと思います)

5.条件が変わる場合
直近の精霊
・GP2016ミコト(SSの効果が不調条件からチェイン条件に変わり、組み合わせによってはスキル発動のタイミングや条件が整うまでの時間が変わる為、使い分けで未進化検討も有りだと思います)

6.付与効果が活かしづらい場合
直近の精霊
・キャッツ1アイラ(ASに自傷10%が付与された分、ステージや組み合わせによっては使いにくくなる場合もある為、使い分けで未進化も考えて良いと思います)
7.属性やEXASが変わる場合
神龍3リティカ、覇眼3セリアル(純属性で使用したい場合や、EXAS条件次第で複数運用したい場合は使い分けで未進化も検討して良いと思います)

一体もありません