黒猫のウィズの回答詳細

他の方々の回答でお試しだと思いますが、基本を少し復習してみます。
まず、結晶が存在できる場所はほ、通常ボックス・素材庫・保管庫・プレゼントボックスの何れかです。
今回のケースでは保管庫とプレゼントボックスは除いて考えていいと思います。
ということは、通常ボックスと素材庫の何れかにあるものと考えます。
保管されている場所を考える前に、潜在結晶の特殊性を思い出してみます。

何が特殊かというと、一般的に素材庫に入ったカードやアイテムは、使う事が出来ても取り出すことができません。
ところが、潜在結晶だけは一定の手順で素材庫から通常ボックスに取り出すことができます。
画像一番上は、オプション→ゲームプレイ設定の、素材庫自動送りの設定スイッチです。
ほとんどの人はこれが「ＯＮ」になっていると思いますが、何らかの理由で画像のように「ＯＦＦ」になっていることがあります。
この状態で精霊にセットした潜在結晶を取り外すと、その結晶は素材庫ではなく、通常ボックスに保管されてしまいます。
↑重要！

そこで、捜索に戻りましょう。
最初に書いた通り、目的の潜在結晶が入っている場所は、通常ボックスと素材庫しかないと考えます。
そこで名前検索で絞り込んでみましょう。
その前に、フィルタは全て外れていますか？
画像左は通常ボックスです。
ここで、教示されている９個のフィルタは全部緑になっていますか？
その状態で「チョコ」で名前検索をかけると、名前に「チョコ」が含まれるカードが抽出されます。

同様に、画像右は素材庫ですが。こちらのフィルタは３色全部と「全て」が点灯していますか？
ここで名前検索をかけると、素材庫にある、名前に「チョコ」が含まれるカードが表示されます。

ただし、この方法では精霊に装着してある結晶は表示されません。
精霊に装着している結晶を探すには、デッキ構成画面の「潜在結晶編成」タブで見ることになります（画像省略）

少なくとも、この三つの方法で調べれば、（その結晶が存在するなら）どこかで見つかるはずです。
注意しなければいけないのは、
①通常ボックスにある潜在結晶は、デッキ構成の潜在結晶編成画面では見えない
②名前検索では、精霊に装着されている潜在結晶は見えない。
ということです。
ですから、手間がかかっても、結晶編成画面と２か所のボックスを調べてみてください。
ちなみに、デッキ構成の結晶編成画面でも名前検索は使えます。

と、ここまでやってみて、それでも分からなかった時は、あまり積極的にお勧めできませんが、ひとつ方法があります。
システムのお問い合わせ窓口充てに「○○結晶を取得したはずだが見つからない。売却したかもしれないので、調べてほしい。」と問い合わせてみるという方法があります。
時間がかかりますが、売却したかどうか、売却していないのなら、今どこにあるか（←重要！）を調べてくれると思います。
開発担当も多忙なので、仕事を増やさないためにも多用はしないでください。

以上、長文になりましたが、無事見つかることを願っております。

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