黒猫のウィズの回答詳細

※クロスディライブ3のネタバレ及び個人的推察を含みます！


まず前提として、今回のシナリオライターさんは古典SF作品をリスペクトされている方だと感じました（5章のタイトルはまさに『幼年期の終わり』でしたし）。それを踏まえてシナリオを読み解いてみます。
３のエピローグに登場した「結晶化（クリスタライゼーション）」を実行する何らかの意思は、結晶化によって人類がどのように進化するのかを見極めているように感じました。
過去三文明に当てはめると、

・レゾネイト文明：統一された精神による進化の限界
　　　　　　　　　→共鳴で意思が統一、進歩がなくなった。
　　　　　　　　　　エニィを未来に託して自然消滅。
・アプライズ文明：個と種を秤にかけた遺伝子の選択
　　　　　　　　　→物質資源が飽和し、進歩がなくなった。
　　　　　　　　　　オールドワンは管理された戦闘で、
　　　　　　　　　　デイブレイクは機械化による進化で
　　　　　　　　　　進化を取り戻そうとしたが失敗。
・ディライブ文明：非合理な欲望が紡ぐ可能性・多様性
　　　　　　　　　→答えがないので進化が無限に続く。
　　　　　　　　　「第2次結晶化」を発動予定。

以上を踏まえて、結晶化を行う存在の目的と行動原理を推察してみると、何らかの人類進化の終着点（結論）を求めているのではないか。
求めている最終進化の理想形があるのか、それとも最終進化のサンプルをいくつも集めているのか。

いずれにしても、進化が止まった時点でリセットが必要になりますが、その際、まっさらのゼロに戻すわけではなく、人類が誕生する（あるいは誕生した時点の）環境を再設定していると思われます（でないと人類が誕生しないシナリオもあり得る）。もしかしたら生物も含めた環境自体をディライブする技術があるのか、どこかに保存しているのかも。
その上で科学文明がある程度発達した時点で第1次結晶化を行い、それにどう対応してどう進化するかを見届けるのだと思われます。そこをクリアできたディライブ文明には第2次結晶化がもたらされるのではないかと。

古典SFにおける「魁種族」「オーバーロード」のような結晶化を行う超越存在が何を求めているのか、「第2次結晶化」によって何が起こるのか。このあたりが続編のキーになりそうですね。