潜在結晶外し

処理にかかる時間に関しては端末のスペックというのもありますが、たいていは時間が経つとそれだけ端末内部に不要なジャンクファイルがたまっていくため動作が遅くなるというのが多いのではないでしょうか
そのため端末のキャッシュやジャンクファイルのクリア、端末本体の再起動などをした直後は動作が軽いと思います
今回早く感じたのもそれではないでしょうか？
しばらくプレイし続けてまた重くなってきたら恐らくそうだと思います
自分の方の2台の端末ではそれぞれ違いはないように思いますので(・ω・)

基本的には隘亂さんのご回答に賛成です。

・端末の性能
・そのときの端末の状態

2時間くらい必死にプレイした後に片づけをしようとするとめちゃめちゃ遅く感じます。
こういうときは端末を再起動すると元に戻ります。

個人的な感覚で追加するならば、手持ち精霊の多いアカウントほど時間がかかるのでは、と思っています。
結晶外しだけでなく、カード操作全般に、同一機種を使用する手持ちがスカスカの後輩はもっとスムーズにやっているように見えますので。
私のアカウントはカード保有枠と保管庫1はほぼ一杯で、雑魚ドロップや進化途上の報酬精霊を次々と保管庫2に送ることでやりくりしています。
これに対して「手持ちスカスカ」はカード保有数300程度。

だからといってカード操作のストレス軽減のためだけにそこまでの断捨離は私にはできません ^^;

隘亂さん、三百さんのおっしゃる通り、端末の状態に依存してる面は大きそうです。

ただ、自分はつい先日キャッシュファイルを削除したのですが、その前後であまり速度の差はありませんでした。それよりもアプリを再起動した時の方が速度は改善するように思います。

また、これは自分の感覚でしかないのですが、デッキ編成の所で結晶を外すよりも、強化合成の所で外した方が速度が速い印象があります。結晶を付けられるのは強化合成の所ですから、逆に外すのもそこのほうがアプリ内部での処理が速いのかもしれません。

あくまでも個人的な感想ですが
フィルターで潜在結晶無のチェックを外して結晶のついているキャラ
だけを表示させて結晶をはずすと処理が速くなっているように感じます。

只この方法はフィルター操作の分だけ手間がかかります。

他の皆さんも回答しているように端末依存なのかなと思います。