※ネタバレ注意※エステレラ2のストーリーについて

私はそこら辺のストーリーを読み飛ばしてしまっていたので、とても興味深かったです！
多くの方が質問者様と同じように、初代「祝福の聖樹」の在処は、鋼鉄の剣と魔法に支配されし異界の舞台であるクロム･マグナの「聖樹クロムマグナ」に通じているのではないかと考えられているようですね◌˳⚛˚⌖

私も色々と考えてみましたが、もしかしたら祝福の聖樹は天上岬にそびえ立つ伝説のシンボルツリーである"とこしえの樹"なのではないかという考えにたどり着きました。
天上岬は冒険と探求のある異界で「ジェニファーの大冒険」、「Tempest Blader」や「VOID ZONE」などのイベントストーリーが描かれている世界と一緒です。

"とこしえの樹"は普段は強力な結界が張ってあり、魔物避けや生命力の増強などの効果を発揮しているようです。
プリフィカちゃんがフラクタルの協力のもと、初代「祝福の聖樹」をズドンと落としたことで、戦争が終結し、天上岬のような美しい場所へと生まれ変わったとしたら、とても素敵なことだと思います❅*॰ॱ
祝福の聖樹は〈氷の樹〉は美しい世界を、〈バルハウスの果実〉は力強い生命を、〈海の願い〉はひたむきな想いをそれぞれ象徴し、それを祝福するのが〈頂きの星〉で、それがとこしえの種へと変化したのではないかと考えました。

天上岬の背景もエステレラ同様感動したので、約２年ぶりに天上岬が舞台の異界がイベントストーリーとして描かれたら嬉しいという気持ちから多少の妄想とだいぶ無理のある考察だとは思いますが参考になれば✿✿

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聖樹を異界に落としたくだりを見たときは、質問者さんと同じく「あれ、クロムマグナ？」と思いました。
ただよくよく考えてみたら、クロムマグナは3本あるはずだし、何か違う気もします。
クロマグゼロよりずっと昔に落ちて、その時には戦争が終結したが、しばらくしたらまた戦争が始まった。樹は長い年月をかけて3本に増えた。という解釈も出来なくはないですが…

戦争のある異界は他にも、ドルキマス、覇眼戦線、八百万、ヴィクトリアのいる異界などもありますね。
ズドンと落として戦争終わったよ、という軽いノリは、ヴィクトリアのいる異界のイメージに近い気がします。想像ですが。
あ、ボブのいる異界かも？フラクタルが手紙貰ってきてたし。

何にしてもああいうフラグを立てて終わったので、遠くないうちに違うイベントでフラグ回収すると思われます。

クロマグゼロの聖樹は若い木と言われていましたから、初代祝福の聖樹とは全く別物だと思います。
繋がりがあってもダンケル学園長とクルスくらい遠縁になるかと思ってます。