ガチャで被った場合は？

デッキゲーなので一概には言えません。A精霊でも複数枚使う場合があるのもいますし、SSやLでも2枚使うのが難しい精霊もいます。
また、今使い道がなくても再進化で評価が一転、いっきに実用的になる精霊もいるのでどの精霊をとっておいた方がいいかは運営でない限り予想はできません。(最近では恒常A精霊であるリティカなどが進化で化けました)
どうせいっぱい引けるから…と思ったA精霊が排出停止したことも、排出停止した精霊が再進化したこともあるので無闇に売却したら後悔するかもしれません。

かと言って全部取っておいては手持ちがパンクしてしまうので、ガチャを引く前に強化素材等で手持ちをいっぱいにしてから引くといいですよ。そうすると添付画像のように溢れた精霊はプレボに送られて、いらないAやSなどを無期限で待機させておく事ができます。

特にSSやLは同じ精霊を複数枚使うこともよくあるので気軽に強化に使ったり、被ったからと言って何も考えずに再契約に出すのはおすすめしません。

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た さんの回答にあるように

１　いつ必要になるかわからない
２　いつ複数枚必要になるかわからない
３　いつ更なる進化で強くなるかわからない

ので、た さんカナヤワさんのおっしゃるようにﾌﾟﾚｾﾞﾝﾄﾎﾞｯｸｽへ保管するようにされると良いです。

付け加えさせていただくなら【ご自身で必要、不必要の判断ができるようになるまで】ですかね。

デッキも各々の好みがあると思うので、いずれご自身で使いやすい、使いにくい等で必要不必要の判断するようになっていくかと思います。

クリスタルガチャかイベントガチャ(英雄凱旋含む)かによって対処が変わります。
イベントは再契約があるのでss以上は保管、Aは必要な物以外処分、Sは英雄凱旋で出るものは保管、常駐は必要な物以外処分
クリスタルガチャは必要な物以外処分
でいいと思います。
処分したくないならボックスを埋めてプレゼントボックスに送る様にする。