特定のカードだけが消えてしまうことはありますか…？

先週のこと。レイドをした時、家内がサルヴァトル結晶を持っていないので、聞いたら、ヴラフォスが一枚足りなくて未進化のためにもらえなかったという話。
私もいっしょに保管庫も探しましたが、やはりない。
「すごそうに見えないから、捨てちゃったのかも」と家内。しかし、持ってないとまずい結晶のトップ3に入るものなので、問い合わせさせました。
即日に返事が来ました。「お調べしましたが保管庫に入っているようです」と。
そしたら、ありました。不思議です。何故かはわかりませんけれど、すぐに答えてくれますので、運営さんに聞いちゃった方が速いぜという話です。

前に、火単攻撃300up結晶が消えてしまってここで質問したことがあります。

その時の状況は
結晶付け外し中にバグって強制終了せざる得なくなる
↓
再度、プレイ画面に行くとどこにもその結晶が見えない
↓
ここで相談すると、再インストールor運営にメールと言われる
↓
再インストールで付け替え前の精霊に付いている状態になっていた

という感じです。
魔導杯中に再インストールすると、お気に入りの付け直しなど面倒ですが、他に方策が無いならやってみることもご考慮ください。

他の方の回答を拝見して、あとひとつの可能性が考えられます。

プレゼントボックスは調べましたか？
GW7012のガチャが開催されたのは昨年の8月なので、遡って調べるのは面倒ですが、探してみる価値はあるかと思います。

プレボのページ数にもよりますが、コツとしては、適当に100ページほど進めてみて、その辺に貯まっている精霊がいつ頃かを調べ、昨年の8月より早いか遅いかで前か後に絞りこんで行きます。
このサイトのイベントページを見ればイベントの開催時期はわかりますので、根気よく調べてみてください。

しかし、肩出しリフィルが２枚とは羨ましい限りです。
見つかったら１枚分けてください(笑)

あと、あまりお勧めしたくはありませんが、紛失したことにして問い合わせれば、どこにあるか教えてくれるかもしれません（あくまでも机上論で、実践したことはありません）
ただし、相当な時間がかかると思われますので、今回の魔道杯には間に合わないとは思いますが。

見つかると良いですね。

フィルタかけっぱなしでしばらく探し回ったことはありますが、質問者さんのようなことは起きて無いですね…

知ってたorもう行っていた場合は申し訳無いのですが、所持カード画面の左下にある精霊名検索も一応利用してみてはいかがでしょうか。
本当に無いのであれば、後は運営に問い合わせてみるしかないと思います。

私のはふつーに検索で引っ掛かりますね。
そんなことが起こると大問題なので万が一売ったとか。。。
限定引いてプレボから出したらお気に入りにまずチェック入れます。
だってウトウト画面触ってたらよく売却画面にいるんですよ。
まあ運営さんに聞いたら大概調べて返事くれますよ。
2周年キャラがいないってメールしたら、X月X日に強化・売却しているようですってお返事いただきましたもん（記憶なし）。

消えたとは考えづらいので落ち着いてもう一度探してみましょう。

自分の場合、表示タイプを雷属性、複属性は全てOFF、レア度の降順で表示して１ページ目にいました。

お気に入り登録していれば大丈夫ですがそうでない場合でも、間違えて売却や強化の餌にしてしまったとしても２枚ともは確かになさそうです。

それでも見つからない場合は気付いたのが今日として最後にあった（使った）のがいつだったかを思い出して運営に問い合わせるしかないと思います。

4000万DLで数十万人が今もプレイしているなかで１人だけに発生するということは考えにくいので不具合ではないでしょう。
探し物は自分で見つけられないときは他人に探してもらうと見つかるのは良くあることですのでお試しを。
失ってしまった場合でも一度だけなら戻してもらえる可能性があるので運営に報告すれば多分大丈夫です。
自分は既に一度やってしまったので以後全ての精霊をお気に入り登録するようにしました、間違って失くすことが無くなるのでお勧めですよ。

質問者様はそんなミスはしていないとは思いますが
過去に見たことがあるので念のため

保管庫1
保管庫2
保管庫3

に入っているカードについては、いちいち「保管庫nから出す」タブを選択しないと精霊名検索の効果は出ません

プレボも探してみた？