結晶消失？

素材自動振り分けを使用していない場合(イベントガチャのためにカード保有枠を埋めるべくOFFに切り替えたまま忘れている等)は結晶は素材庫ではなくカード保有枠に入ります。

そうでなければ、似た質問はこれまで何度も出ていまして、たとえば

潜在結晶が失くなりました。
https://黒猫のウィズ.gamewith.jp/questions/show/90363

とりあえず通信を発生させてみてください。
具体的には、カード操作の画面からワールド画面へ移り(「クエスト」ボタンを押す)再びカード操作してみる、とか。
だいたいはこれで直ります。
アプリを再起動するまで直らないこともままあります。
私はそれより重症になったことは一度しかありませんが、そのときは通信エラーが治まらなくてデータ消去せざるを得ませんでした。

ここまでやっても直らない場合は運営さんにメールするしかないかと。

フィルターを切り替えるなど、何らかの形でデータを読み直してみてください。それで出てくることがあります。
結構頻繁に起こるバグです。
それで解決しなければ問い合わせですね。

ガチャ引く際に自動振り分けをoffにして手持ちを埋めていたりしてらっしゃったら
手持ちのボックスに入りますので、そこを確認してみてください。

なかったら焦らず運営に問い合わせてみましょう。

それはショックですね(>_<)

結晶つけたまま、保管庫って入れられるんでしたっけ？

保管庫にはないでしょうか…。

あとは、可能なら、目を変えて、他の人に見てもらう(探してもらう)方がいいと思います！

他の人に見てもらうと、案外、探し物って見つかりますし…。早く見つかるといいですね…。