かなり久しぶりに再会したのですが・・・

Ｌ進化解放直後っていうと、本当に大分前ですね…お帰りなさい！

変更点全て上げていこうと思うとすごい量になりそうなので、とりあえず手っ取り早く新機能を確認できる方法をば

お知らせ画面の一番下の方に、『アップデート情報』というバナーがあります

そこを開いて、一番下（古いもの）から順に読んでいくと、今現在に至るまでの新機能追加の流れが概ね分かると思います〜

実際に操作してみてそれでもわからないことがある場合は、gamewithのサイト内検索で該当解説ページを読み、更にそれでもわからないならこちらで1個づつ質問を立てて聞いてみるといいのではないでしょうか


皆さんが同カード5枚までは残す、覚醒にはエーテルを使い同カード覚醒はしない、と言っているのには理由があり、
質問者様がウィズを離れている間に

・エーテルが貴重ではなくなった（プレゼントして大量に配られるようになりましたし、現在はエーテルを狩れる消費魔力0のレイドもあり、その気にさえなればいくらでも手に入る物になった）

・過去の精霊に進化段階が追加（Ｌ進化解放）され強化・魔改造されることが毎月の恒例行事のようになり、これまで見向きもされなかった精霊が艦隊運用で脚光を浴びることが珍しくなくなった（オロチ、ジグムントなど）
そのため、今は使えなくてもいつか進化して5枚必要になるかも、と考える人が増えた

・素材庫や保管庫が解放され、カード所持枠アップアイテムが配られるようになり、枠に余裕ができたので、捨てたり素材にしてまで枠を整理しなくても困らなくなった

・プレボにフィルター機能が付き、中身を探すのが簡単になった
というかプレボの素材もマナもエーテルも本も全て素材庫に入るので整理しなくてもプレボはすっきりしている状態になった

などの変更があったせいなのです
私も枠の整理をすることはすっかりなくなり、ダブり精霊は5枚以上あってもプレボに塩漬けが多いです

まずはオプションから素材庫自動イン機能をオンにしてプレボの素材を全て素材庫に放り込み、ボックス内の素材も全て放り込み、
ワールド画面のミッションアイコンから各種ミッション報酬を受け取る所から始めるといいと思いますよ

そして手持ちの精霊を片っ端から進化させましょう！
昔のキャラが強くなってたりして楽しいですよ♪

非常に長文になってしまいました...w。

先に変更・変化要素をいくつか。
・潜在能力・マナプラスはフル覚醒が普通
ハイエーテル・フルエーテル・マナプラスが大量に配布されるのでそこそこのプレイヤーはエーテル類は100〜1000個以上の単位で余っている(マナプラスは万単位?)。そのため精霊の運用はフル覚醒が基本です。クリスマスイベントでも大量ゲット出来ると思います。
※ただし精霊によっては潜在能力のフル覚醒がデメリットになる例もごく稀にあるので注意してください。あと、マナプラスは1単位での調整が可能になったので奇数・偶数・5の倍数調整などのテクニックが割と行われています(詳細は調べてみて下さい。迷ったら奇数&5の倍数調整がお勧めです)
・潜在結晶が追加
取り外し可能な潜在能力として潜在結晶というのが追加されました。各精霊に2個潜在能力が追加出来ます。潜在結晶の入手方法はボス結晶化・各種報酬・イベント報酬などです。なおイベント報酬の結晶は破格の性能のものが多いので未入手のものは復刻イベントでのゲットをお勧めします。
・素材庫が追加
素材がひとまとめにされてボックスを圧迫しないようになりました。
・魔道士の家が追加
過去イベントの復刻や進行状況の確認ができます。また進行状況によってクリスタル報酬があるので美味しいです。なお、イベントの復刻はゴールドが必要で期間制限もあります。

以上の点を踏まえて最初の質問の回答です。
1 艦隊仕様の精霊は複数運用ありです。大魔術連発(パイロン・チュレ・ラエド)、エンハンス増し増し(ジグムント)、特殊(ウラガーン)などです。1つ目は潜在フル覚醒なら低〜中位のクエストはクイズに答えなくてもクリア出来ます。2つ目はエンハでやはり低〜中位のクエストなら簡単に抜けれます。3つ目は火闇2Tで検索すると出てくる修練場レイド高速周回用です。
2 エーテル・マナプラスが余り易い現状ではあまりやりません。
3 いらない精霊はそうなります。ただし、素材庫や保管庫のお陰で、ボックスにかなり余裕が出来ると思うので待ってみるのも一つの手です。
4は少し思いつかないです。御三家あたりは結晶化できますが、あえてやるほどではないです。

非常に長くなり申し訳ありません。
たかみーさんが中断された時よりも面白くなっていると思うので、この長文に負けずw頑張って下さい。

私なら基本は1ですね。
売却は考えないですし
L導入初期と比べても、エーテルの配布数が多すぎるので
当時と比べて「考えながら開放」ってしなくなりましたし。
LtoLという進化をする精霊がこの先も増えるので
使わないものはとりあえず保管庫へ…
という感じでどうでしょうか?

下手に同カード合成はしない方がいいです。
エーテルが今は簡単に入手できます。
(潜在能力解放専用の特殊カードの事です)

いつやめたか分かりませんが、素材専用倉庫や文字通り倉庫の保管庫も実装されました。素材をそちらに振り分ければBoxはガラガラなはずなので、とりあえずとっておくと良いです。

本当に要らないのは、右上…右下？のマナプラスの数値を見て、育てたいカードを強化合成する際に放り込みます。あまり売却はしない派です。図鑑埋めも出来るので。(何枚か売ったのを後悔してます、もう入手不可のやつでした)

参考までに。

正解はありません。
ですが、2~4の選択肢はないと思います。

他の方も回答されていますが
6枚以上持っている場合を除いて
保管庫(またはプレボ)に置いておくのが
良いと思います。

それから変更要素については
ご自分で情報収集された方が良いと思います。
かなりの量になると思うので。
このサイトを参考にされるとか。

私は被ったカードは最終進化の性能を調べて、必要なら複数運用、不用ならさらなるてこ入れ待ちにプレボか保管庫に塩漬けしてます。
時々大幅な強化が意外なカードにされるので、五枚以上余ってるとかでない限り私は売ったり素材にしたりはしません。

当時からあったなちょっと思い出せない要素としては、
クイズの解答方式に四択以外がかなり追加されました。
スライド、一問多答、線結び、穴埋め、文字繋ぎなど
イベントなどでは特殊な解答方式が出されることもあります。
レイドでは皆でネプリーグをしたりファイブボンバーすることもあります。

過去イベントの中にはゴールド開放可能なイベントがあります。
復刻待ちではなく、ゴールドを使って自分の好きなタイミングで過去のイベントが回せます。
魔道士の家で開放可能です。

あとイベントにストーリー以外の独自要素が追加されることが多くなりました。
ポイント制や特殊ルールが設定され、サブクエ以外にも報酬が用意されてる場合があります。