最近よくあるんです

私も同じような感じで困っていました。
それと同時にスタート時に中断したわけではない、既にクリア済みのはずのクエストが始まってしまうバグが起こっていた為、その不具合の延長だろうと考えています。
（参考：https://gamewith.jp/kuronekowiz/questions/show/252338）
クエストが変な具合に戻ってしまう際に、お気に入り関係のデータも巻き戻るのかなぁ、と。

とりあえず現在、上記過去質に従い、アンインストール→再インストールを試し、お気に入りが全て外れている状態なのでなんとも言えませんが、クエストが変に再開することはなくなったので、お気に入りをしても外れることはなくなっているのではないかと思っています。
※もし試されるのならアカウント登録をお忘れなく。

ありませんね。
普通に端末１つでｱﾝｲﾝｽﾄﾛｰﾙしたりすることのない状態ですが。

同一端末を使ってる間は一度もありませんね。

ただしインストールしなおしたり別端末を使うとお気に入りは反映されません。

よくあります。iphone6sを使っています。
バトルもクリアしたはずのクエストの途中からになったりします、そこから再度クリアしても結果に反映されませんのでリタイアしてます、魔道杯でもなります。

何回か続いたので運営に問い合わせしました。
こちらの使用機種やストレージ容量を聞かれ、数日後運営で事象の確認はできなかったと回答がありました。
間違って売却したら怖いから直して欲しいですね！

途中でアプリが落ちた時などにそういうことはありますね。

同様の症状に悩まされていましたがアンスト→再インストールで改善しました。質問者様も一度試してみてはいかがでしょうか？
ただ、完全にリセットされるので再度お気に入り登録しなければならない手間はありますが…

私はAndroidですが、意図しないお気に入りの消滅は、一度だけあったように思うものの、昔のことなのでどういう状況だったかは記憶がありません。

シンプルなご質問なので状況がわかりませんが、プレイの途中で中断せずに、マップ画面やイベント選択画面に戻ってから終了しているのに、おっしゃるような状況があるとすれば、ゲーム提供側に対応をお願いするしかないのかもしれません。

良くあるケースとして、クエストや精霊強化、デッキ編成などを完全に終了させないままに中断した場合は、予測できないトラブルが起こる可能性があります。
提供側も、ある程度の強制中断については対処しているようですが、全て検証しているわけではない（検証できない）ので、プレイヤー側でできるのは、正しい所まで進めてから終了させることでしょうか。

ちなみに、iPhoneの場合、プレイ中の他のアプリの起動や、メール、通話の着信などがあった場合に、強制的に終了してしまうこともあるようなので、プレイヤーの注意だけでは対策しきれないのかもしれません。

次に質問される場合は、AndroidかiPhoneなどの種別、中断の有無など何らかの操作があったなのかなどを記載していただけると、また違った観点からの回答がいただけるかもしれません。

私は頻繁に機種変更をしているので日頃はお気に入り登録を使用していません。
アイテムを移動させるとき等にフラグ代わりに使うことがあります。
使ったフラグの消去のためにデータ消去することもあります ^^;

お気に入り登録はクライアント保存なので、登録直後にアプリが不正終了した場合には巻き戻ることがあります。
お気に入り登録してからGameWith閲覧等で別のアプリを使用し、その後黒猫のウィズを再度表に回そうとしたらトップ画面に飛んだ、なんていう場合にはお気に入り登録状態が保たれないことはあるのではないかと思いますが。