煌眼結晶無くしました。

精霊を結晶を付けた状態で売ることは出来ません。一緒に売ったと言うのはありえないです。もう一度探してみてください
ルミアの方はこの手の質問よくたちますが毎度思うんですが何故一枚しか手に入らない精霊を売るのか。何故売った後に後悔するのか
間違って売ったというのであればそれを教訓にしてお気に入り登録さえちゃんとしてれば今回復旧しても２度と間違って売るなんて事ないはずですよ

ほとんどの精霊は登場時にどんなに強くてもいずれインフレに飲まれて使わなくなりますが、結晶はそれがほとんどありません。そして、煌眼は結晶の中でもかなり有用なものなので、１度しかできない補填をする価値はあると思います。

複数同時に回収できるかはわかりませんが、ルミアと煌眼なら、よほどルミア愛がない限り煌眼を優先して回収するべきだと思います。

ですがそれ以前に、本当に売却してしまったのでしょうか？
精霊はともかく結晶を売却というのは私は考えにくいと思います。
フィルターがかかっていて見つからない、煌眼を付けた精霊を保管庫に入れた当の可能性もあるので、様々な方法で探してみてからでも遅くはないかと思います。
無事見つかりますように・・・

結晶の場合、無くなった（誤って売った）と勘違いするケースが１つあります。
「その結晶を付けた精霊を保管庫に入れた」場合です。

保管庫にある精霊に付いている結晶は名称検索や
少し前に実装されたデッキ構成の際の結晶付け外しで、
現在その結晶が付いている精霊で調べても表示されません。

問合せる前に一度保管庫内で「結晶が1個以上付いている精霊」で
フィルターを掛けて探してみると良いかと思います。

精霊のソートで種族をアイテムのみで表示してみてください。アカウントを引き継ぐと設定がリセットされます。その場合、外した結晶は素材庫ではなく手持ち精霊に追加されます。それで私も「もしかして結晶売っちゃった！？」体験をしました。

試しに精霊に結晶をつけて売ってみましたが以下の通りのメッセージがでました。
「この精霊には潜在結晶がセットされています。取り外してから、もう一度お試しください。（原文ママ）」
なのでつけて売るということは実質不可能です。

結晶は素材庫から、もしくは精霊として、結晶単体で売却に放り込まないと売ることができないようになってます。意図的な売却以外での売却はほぼありえません。

神竜降臨2のアニマを進化前の段階で「使わない」と判断して売却。随分経ってロドムを入手するのに売却済みアニマが必要とわかり補填してもらいました。
勿体無いと幾人かに言われましたが自分が納得なので問題ないです。

煌眼については、今持ってる煌眼が無くなるとプリンを箸で食べる位の不便さがあるかなーと思います。
無くなっても問題ないけど、あった方が遥かに良いと個人的には思います。

各々の考え方なので もっと大事なものを失った時の為に補填権利を温存も良いと思います。
ご自身が【売却】とゆう行為を行わない限り【大事なものを失うことはない】とゆう事もお忘れなく。

後悔の少ない判断をされますように。

運営の対応を完全に知っている人はいないと思います。
まずは問い合わせ窓口に連絡するのが一番です。
「煌眼結晶とルミアを無くしたけど補填できますか？」というような問い合わせで良いと思います。

問い合わせにたいして直ちに補填されることは希で、
「何日に売却されています。補填を希望しますか？希望するなら今回限りですよ」
というような回答が帰ってくると思いますので、それから考えればいいのです。

プレイヤーさんの手持ちやプレイスタイルにもよりますが、煌眼結晶はデッキを厚くすることはあっても必須とまでは言えないかとは思います。
ルミアは、ルミアを連れてとかのミッションは思い当たらないので、互換精霊は出てくるまで待つ手もあります。

経験がないので分かりませんが問い合わせが1度だけなのではなく、補填が1度だけだと思います。

過去に似たような質問の回答で保管庫にありますとか、プレゼントボックスにありますといった運営からの返答をもらった方達は、補填してもらっていないのでまだ大丈夫だと思っています。

また補填が1度だけなのか、１つだけなのかも分かりませんので探して見つからなければそのあたりも含めて問い合わせてはどうでしょうか。

わたしなんてアッサリ運営対応使っちゃいましたよ笑っ
しかも２周年精霊のキャリンミャオに。
必須もなんもないですよね。
問い合わせしてどっちも復活できないか聞いてダメなら結晶で良いと思いますよ。
あとは困ったときに問い合わせするかですね。