マナエレメントが足りなくなってきました

マナを集中的に集める場所は心当たりがありません。
ぴろりんさんのご提示の場所以外では、メイトガチャで、まれに入手できます。

あと、荒業ですが、マナを持つ精霊を強化素材に使うと、素材精霊が持っているマナをベース精霊に引き継げます。
クリスタルガチャなどの外れ精霊や、マナ強化をしたけれど使っていない精霊があれば、マナソースとして使うことができます。
とはいえ、個人的には精霊をマナソースに使う度胸はありません。

ところで、マクロス精霊に使ったとおっしゃっていますが、もしかして最初からフル覚醒フルマナにしていませんか？
覚醒はともかく、マナはいつでも合成できるので、必要になった時に必要な精霊にマナを付けるようにすれば、無駄な消費は減らせると思います。

私の戦法としては、デッキを組むときに、まず素で戦ってみて、ミリ残しなど際どいところで抜けきれない場合に、マナを追加して挑むようにしています。
大幅に力不足の場合、マナで補強しても焼け石に水の場合が多いですから。
おかげで、プレボには400枚以上のマナカードが腐っています(汗)
マナを付けなくても十分強い精霊もいますので、必要な時にマナで補強するようにされたらいかがでしょうか？
既に対応されているのであれば、余計なお世話で申し訳ありません。

魔道書クエスト（特に上の級）の道中宝箱でわりとよく出ます。
その他、通常エリアのクエストからも稀に出ますが、少ないです。

あとは、メイトガチャからも出るはずですが、出る確率は低いと思います。

イベントや通常エリアのサブクエ達成、ミッション報酬、マクロスのようにポイントを貯めていくイベントならポイント報酬でももらえることがあります。
明日から魔道杯なので、魔道杯のポイント報酬でももらえます。

マナプラスだけ狙って集められる場所はないです。

ログインボーナスでマナ+200があるので放っとけば集まりますが、それ以外の+200マナって大体がイベントのサブクエ報酬やニコ生イベント報酬なので、次のイベントまではおそらくほとんど集まりません。

というかこれだけ配られているのになくなっちゃうあたり、使い方に問題があるのではないでしょうか。私がマナを振るタイミングは実際にデッキに入れる段階で、「当分使わねえだろうな」という精霊にマナは振りません。例えばレイド報酬のランカシェリルとかは進化だけさせて無マナです。これでプレボに大量にマナは残ってます。

魔道書クエストの青宝箱から入手可能です。アユタラ以降の一般クエストでも入手できたかもしれません。