側頭部の対となる2本の角とベクターと呼ばれる特殊な能力を持つ女性型ミュータント・二觭人（ディクロニウス）。彼女らは人類を淘汰する可能性を持つとされ、離島の国立生態科学研究所に国家レベルでの極秘機密として隔離、研究されている。
ある日、研究所に隔離されていたディクロニウスの少女・ルーシーは拘束を破り、警備兵その他をグチャグチャにしながら、研究所からの脱走を試みる。海に飛び込む直前に頭部に対戦車用徹甲弾の衝撃を受けるが幸い軽傷で済み、彼女はそのまま海へ投げ出される。

大学に通うため親戚を頼りに鎌倉にやってきた青年・コウタはいとこのユカと共に由比ヶ浜を訪れた際、偶然そこに流れ着いたルーシーに出会ってしまう。ルーシーは逃げ出す際頭部に受けた衝撃で記憶を失った上、人格が分裂して全く別の人格に入れ替わってしまっていた。「にゅうにゅう」としかしゃべることの出来ない彼女をにゅうと名付けたコウタとユカは、彼女が人類を滅亡させる存在とは知らずににゅうをコウタが住むことになる楓荘に連れて行き、一緒に暮らす事になるのだが…。